シャナはニューヨークに居た。古来より南北アメリカ大陸を“徒”から守ってきた強大にして特異な討ち手・大地の四神――今は既に三神となった彼らの共闘を得るために。『引潮』作戦で失われたその一神センターヒルに託された言葉を残る三神に伝えるシャナ。その頃、『ザナドゥ』創造の地と宣布された日本では、楽園へ渡るため駆けつけた“徒”と、それを阻止せんとするフレイムヘイズたちの戦いが繰り広げられていた。そのさなか、一人の少年・坂井悠二が、今までの姿で御崎市に再び現れる。